La comprensión de los hechos clave para el desarrollo del cerebro puede constituir un marco muy útil para entender las funciones adultas del cerebro, así como la etiología de las enfermedades neuroevolutivas como el autismo y la esquizofrenia. Muchos de los acontecimientos clave del desarrollo del cerebro se anuncian en la expresión de los genes distintivos. Un ejemplo es la activación secuencial de las diferentes cascadas de factores de transcripción para determinar la especificación del tipo de célula en distintas áreas del cerebro. Otro ejemplo es la expresión, cuidadosamente regulada, de las moléculas señalizadoras y sus ligandos durante el desarrollo de períodos de tiempo precisos para dirigir la orientación de los axones y para establecer conexiones entre las diferentes áreas del cerebro. El Atlas Allen del Cerebro del Ratón es un recurso muy amplio sobre la expresión génica a lo largo del desarrollo cerebral, desde las fases embriónicas hasta las postnatales, que proporciona información tanto espacial como temporal acerca de la expresión génica. Se han generado datos sobre la hibridación in situ (HIS) para aproximadamente 2000 genes en cada una de las siete marcas temporales, y los datos están recopilados en internet.
Los objetivos de la anotación manual son proporcionar un registro online detallado y clasificado de todos los genes, con una resolución mayor de la que existe en la actualidad utilizando herramientas informáticas y distribuir los genes en grupos de expresión que proporcionen información sobre las cascadas que regulan los factores de transcripción y proponer hipótesis evaluables acerca de la determinación del futuro de las células y la regulación de la transcripción.